Schwerpunkte liegen in der Früh- und Ausbreitungsdiagnostik von gut- und bösartigen Hauttumoren und dem Angebot zur differenzierten, leitliniengerechten oder diagnosebezognenen individualisierten Therapie, in der funktionellen und ästhetischen Wiederherstellung bei Hauttumoren, hier vor allem im Kopf- Gesichts- und Halsbereich und der Mundhöhle, sowie für die internistisch-onkologische Tumortherapie.

Im Jahre 2008 wurde das Hauttumorzentrum Hornheide-Münster nach DIN EN ISO 9001:2000 durch den TÜV Saarland zertifiziert und im Jahre 2009 akkreditiert und zertifiziert von der Deutschen Krebsgesellschaft. In der Fachklinik Hornheide werden bis zu 10 % der jährlichen Neuerkrankungen am malignen Melanom in Deutschland behandelt.

Die Fachklinik Hornheide bietet in ihrem Zentrum für Dermatohistopathologie neben der Möglichkeit zur Einsendehistologie die Konsiliarische Beurteilung von Histologien überregional an und leitet die Qualitätssicherung Dermatohistologie in Deutschland, Österreich und der Schweiz.

Seit 1960 stellt die Wiederherstellungschirurgie der Körperoberfläche inklusive der Behandlungen von Unfallfolgen (Narben, Verbrennungen) sowie von chronisch-entzündlichen Hautkrankheiten einen weiteren Behandlungsschwerpunkt der Fachklinik Hornheide dar.

Die Fachklinik Hornheide ist seit Ende der 80er Jahre zum bundesweit größten Zentrum für die chirurgische Rehabilitation großer Gesichtsdefekte durch Epithesen geworden. Jährlich werden ca. 250 an Implantaten verankerte künstliche Gesichtsteile zur Rehabilitation von Tumor- und Fehlbildungs-Patienten eingesetzt.

Die ästhetische kosmetische Chirurgie sowie das gesamte Spektrum der Brustchirurgie stellen weitere Bereiche der Behandlung dar. Die Fachklinik Hornheide ist Kooperationspartner der Brustzentren Münster und Münsterland sowie des Brustzentrums Georgsmarienhütte und der Städtischen Frauenklinik Dortmund. Die genannten Aufgaben werden fächerübergreifend in engster Kooperation von Dermatologen, Plastischen Chirurgen, Mund-, Kiefer-, Gesichtschirurgen und Internistischen Onkologen, Anästhesisten sowie Psychologen durchgeführt. Die aufgeführten Abteilungen arbeiten eng mit dem Forschungszentrum.